山东济南非法经营疫苗系列案件发生后，党中央、国务院高度重视，有关部门和地方密切配合，立即开展了案件查办和处置工作。为进一步督促查清案件，严惩不法分子，依法依规追究相关人员责任，并进一步建立健全监管机制、完善法规制度体系，3月28日，国务院批准组织山东济南非法经营疫苗系列案件部门联合调查组。当晚调查组即赶赴山东，全面开展案件调查、处理工作。国务院工作督查组派专人参加，全程督查指导调查工作。

　　3月29日，部门联合调查组组长、食品药品监管总局局长毕井泉主持召开了调查组第一次全体会议，传达学习了李克强总理等中央领导同志重要批示精神，重点围绕七个方面开展工作。一是彻查“问题疫苗”的流向和使用情况，全面查清案情；二是依法严厉打击违法犯罪行为，对涉案人员必须要依法依规严惩重处；三是对失职渎职行为严肃问责，包括党纪政纪处分，构成犯罪的要移送司法机关；四是做好涉案疫苗接种者风险评估，组织专家研究提出针对性分类处理措施，发现问题及时处置、科学应对；五是总结案件的经验教训，提出堵塞漏洞、完善法规制度、加强疫苗监管工作意见；六是回应社会关切，及时公布案件查处情况，以及专家对涉案疫苗安全性、有效性的科学评估；七是案件调查工作完成后，全面总结案件查处、责任追究、强化监管、完善制度等情况，形成调查报告报国务院。根据工作需要，调查组下设案件工作组、疫苗经营工作组、疫苗使用工作组、责任追究工作组、综合组和专家组6个工作组。